Encanto menceritakan tentang sebuah keluarga yang tinggal disebuah rumah ajaib yang bisa bergerak. Semua anggota keluarganya mempunyai kekuatan masing-masing yang ajaib dan unik. Kecuali Mirabel. Ada yang mempunyai kekuatan menyembuhkan dengan makanan, kekuatan super kuat, menumbuhkan bunga dan tanaman, merubah cuaca, bisa mendengar sampai suara paling kecil, berbicara dengan hewan, dan kekuatan ajaib lainnya. Tapi tidak dengan Mirabel, hanya dia yang tidak mempunyai kekuatan unik itu. Sedangkan semua anggota keluarganya mempunyai kekuatan itu.
Kakeknya bernama Pedro, dan neneknya bernama Abuela Alma. Kakek dan Neneknya berpisah saat kampung tempat mereka tinggal diserang oleh sekelompok orang jahat. Lalu Kakeknya mengorbankan dirinya demi anak dan istrinya selamat. Saat sudah tidak ada harapan untuk tinggal, tiba-tiba dari lilin yang neneknya bawa keluar sebuah cahaya yang membuat rumah untuk dia tinggal. Dia membesarkan ketiga anak kembarnya yang bernama Bruno Madrigal, Pepa Madrigal, dan Julieta Madrigal, di rumah itu.
Kedua anaknya lalu menikah dan mempunyai anak. Julieta menikah dengan Agustin, Pepa menikah dengan Carlos, sedangkan Bruno menghilang karena mendapatkan kekuatan yang bisa meramal masa depan. Tetapi saat dia meramal untuk pertama kalinya, ternyata di masa depan rumah keluarganya akan hancur. Jadi dia memutuskan untuk pergi dan meninggalkan semua keluarganya. Mirabel adalah anak ketiga dari pasangan Julieta Madrigal dan Agustin Madrigal. Kedua Kakaknya bernama Luisa Madrigal dan Isabela Madrigal.
Pada usia tertentu, semua keturunan keluarga Madrigal akan mendapatkan sebuah pintu ajaib di rumah mereka. Ketika pintu itu dibuka, mereka akan mengetahui mendapatkan kekuatan apa yang akan mereka dapatkan. Anak terakhir yang membuka pintu itu adalah Antonio, Cucu Alma yang paling muda. Dia mendapatkan kekuatan yang bisa membuatnya berbicara dengan hewan.
Jadi hanya Mirabel yang tidak mempunyai kekuatan ajaib itu. Meski Ayah dan Ibunya sangat sayang kepadanya, Mirabel mendapatkan perlakuan yang sangat berbeda dari Neneknya, Alma. Neneknya sangat keras kepadanya, sampai terkadang dia merasa berkecil hati karena tidak mempunyai kekuatan ajaib seperti yang keluarganya dapatkan. Terkadang dia merasa dijauhi oleh semua anggota keluarganya karena tidak mendapatkan kekuatan itu.
Suatu hari, Mirabel melihat rumahnya retak dan terbelah, retakan itu menjalar menuju jendela tempat lilin ajaib itu ditaruh. Itu mengancam semua kekuatan sihir keluarganya. Dia lalu menceritakan apa yang dilihatnya itu kepada semua anggota keluarganya. Tapi sayang, tidak ada yang mau percaya dengan Mirabel. Dia lalu mencari tahu kenapa dirinya tidak mendapatkan kekuatan ajaib itu. Dia akhirnya mencari Pamannya yang hilang, Bruno.
Dia memutuskan untuk masuk ke kamar Pamannya, Bruno. Tapi disana tidak ada siapapun, hanya ada lautan pasir. Tapi Mirabel tidak menyerah, di terus masuk kedalam. Disana dia melihat ada cahaya hijau, lalu dia membawa semua potongan cahaya hijau itu ke kamarnya. Dikamar dia mencoba menyusun potongan cahaya hijau itu. Ternyata itu adalah gambar ramalan masa depan yang diramal oleh pamannya. Di gambar itu ada rumahnya yang retak, dan dirinya.
Tapi saat acara lamaran Isabela, para tikus-tikus kecil mengambil potongan-potongan gambar itu. Mirabel lalu mengejar para tikus itu. Ternyata tikus-tikus itu masuk ke belakang bingkai foto yang dipajang di sisi rumahnya. Dia lalu membuka pajangan foto itu, ternyata ada lubang besar dibelakangnya. Dia lalu masuk kedalam lubang itu dan lanjut mengejar tikus-tikus kecil itu.
Ternyata para tikus itu menyerahkan potongan gambar masa depan ke seseorang yang ternyata adalah Bruno, Pamannya. Dia lalu bertanya bagaimana caranya agar dia bisa membuat keluarganya bangga, dengan cara mencegah rumahnya hancur dan mencegah lilin ajaib padam. Pamannya lalu bersedia membantu, dengan cara meramal masa depan lagi. Pamannya meramal masa dipan di kamar Antonio. Mirabel memegang tangan Bruno dan ikut menyaksikan gambar-gambar masa depan.
Ternyata hasilnya mengejutkan. Untuk bisa mencegah lilinnya padam, dan rumahnya hancur, dia harus berpelukan dengan Isabela. Tentu saja Mirabel kesal, karena dia membenci Isabela, dan dia juga tahu kalau Isabela membenci dirinya. Tapi dia tetap melakukannya. Mirabel dan Isabela bernyanyi dan menari bersama, dan ditutup dengan berpelukan. Tetapi setelah selesai mereka berpelukan, mereka menyadari kalau rumah mereka sudah dipenuhi bunga dan tanaman. Karena Isabela tidak terkontrol saat menari dan bernyanyi bersama Mirabel.
Itu membuat Alma, Nenek mereka marah kepada Mirabel. Ayah dan Ibunya sudah mencoba membela Mirabel, tapi Neneknya tetap menyalahkan Mirabel. Alma dan Mirabel lalu saling menyalahkan, Mirabel terbawa emosi sampai membuat rumah mereka hancur.
Tetapi Neneknya meminta maaf dan berbaikan dengan Mirebel. Semua anggota keluarga nya juga ikut meminta maaf pada Mirabel dan mereka bekerjasama dengan semua warga untuk membangung rumah mereka lagi. Dan mereka hidup bahagia.
