Film ini menceritakan tentang Agen Rahasia yang ditugaskan untuk mencari Raja yang diculik.
Pada suatu hari, saat Raja sedang mencicipi makanan untuk persiapan pesta ulang tahunnya, Raja diculik. Semua prajurit tidak menemukan penculik yang menculik Raja mereka. Maka, Agen Ibu Tiri memerintahkan Gretel untuk mencari penculik itu. Tapi Gretel gagal. Lalu Agen Ibu Tiri memerintahkan Gretel untuk membawa Hansel, saudara Gretel ke istana.
Di istana, Hansel dan Gretel diberikan tugas kepercayaan untuk mencari Raja dan membawa Raja pulang kembali ke istana. Jadi secara tidak langsung, mereka harus bekerja sama dalam misi ini. Hansel dan Gretel memang tidak akrab sebelumnya, Gretel tidak percaya karena dia harus bekerja sama dengan saudaranya. Karena biasanya dia selalu menyelesaikan semua misi seorang diri. Tapi kali ini berbeda, karena nasib Raja ada ditangan mereka berdua.
Pada malam hari mereka mulai menyelidiki sebuah toko kue, mereka menyelidiki semua ruangan. Setelah ruangan pertama aman, mereka lanjut ke ruangan berikutnya. Di ruangan itu ada banyak sekali berbagai macam bahan makanan untuk membuat kue.
Tidak sengaja, Hansel membuat ulah, dia dikejar anjing besar yang membuat semua bahan makanan berserakan di lantai. Disisi lain, Gretel tetap fokus dan lanjut ke ruangan berikutnya, dia menutup pintu ruangan itu agar Hansel dan anjing besar itu tidak masuk keruangan itu. Karena isi ruangan itu adalah ramuan-ramuan untuk membuat kue. Tapi Hansel tetap mendobrak pintu itu. Alhasil, semua cairan ramuan itu tumpah dan toko kue itu hancur.
Setelah berusaha berdiri dan membersihkan tubuh dari serpihan debu, mereka kaget. Karena tubuh mereka berubah menjadi kecil, seperti anak kecil. Begitu juga anjing besar tadi, anjing itu menjadi kecil juga. Tapi mereka tidak peduli, mereka tetap melanjutkan perjalanan untuk menemukan raja yang diculik bersama anjing kecil itu. Pertama-tama mereka berencana untuk ke rumah Baba Yaga, seorang penyihir tua pemakan anak kecil. Mereka ingin mencari petunjuk dari Baba Yaga. Baba Yaga menyambut mereka dengan baik. Padahal aslinya dia ingin memakan Hansel dan Gretel. Baba Yaga memberikan obat tidur di makanan Hansel dan Gretel. Tapi yang tidur hanya Gretel, Hansel yang mengetahui rencana Baba Yaga mencari cara agar Gretel bangun.
Setelah Gretel bangun, mereka langsung kabur dari rumah Baba Yaga naik sebuah benda terbang milik Baba Yaga. Di perjalanan mereka ditangkap oleh gurita. Ternyata mereka dibawa ke dunia putri duyung. Mereka hampir dijadikan ikan oleh ratu duyung. Tapi anak ratu duyung itu melihat kalung yang dipakai Gretel. Ternyata kalung itu adalah kalung penanda pertemanan. Mereka tidak jadi dijadikan ikan. Hansel dan Gretel berkeliling istana duyung. Mereka lalu melihat ada banyak sekali cupcake yang dikurung. Hansel dan Gretel kembali menemukan ide cemerlang. Mereka melepaskan beberapa cupcake, lalu mereka akan mengikuti kemana perginya cupcake itu. Ternyata mereka adalah cupcake milik Ilvira. Hansel dan Gretel masuk ke istana Ilvira, dan mereka kaget kalau ternyata yang menculik Raja mereka adalah Ilvira. Mereka lalu mengajak Raja untuk kembali ke istana. Tapi sayang, Raja sudah diperi ramuan oleh Ilvira. Raja dan Ilvira ingin menikah di Istana. Hansel dan Gretel membuat penawar untuk Raja, dan para warga kerajaan yang sudah diambil alih oleh Ilvira.
Mereka lalu kembali ke Istana dengan membawa beberapa botol ramuan penawar. Mereka kembali dengan patung naga yang dihidupkan dengan sihir. DI Istana, Raja dan Ilvira hampir menikah, tapi Gretel dengan cepat menyuntikkan ramuan penawar ke tubuh raja. Setelah itu mereka memulihkan warga Istana. Misi mereka berhasil, Gretel lalu diangkat derajatnya oleh Raja. Hansel dan Gretel lalu berbaikan dan mereka hidup bahagia.
