The Reef menceritakan kisah seekor ikan yang ditinggal oleh kedua orang tuanya karena kejadian malang. Ikan itu bernama Pi. Dia sudah berpisah dengan kedua orang tuanya sejak kecil. Saat Pi masih kecil, dia tinggal di sebuah tempat yang kotor bersama ayah dan ibunya. Tempat tinggal mereka sangat kotor, air yang hijau seperti lumut, berteman dengan ikan-ikan yang menakutkan, dan hal-hal lainnya. Tapi Pi menerima keadaan tempat tinggalnya itu. 

Berpisah

Sampai suatu hari, kejadian yang tak diinginkan terjadi. Saat Pi sedang berjalan-jalan bersama kedua orang tuanya, dengan tiba-tiba semua ikan berenang menjauh dari suatu arah. Begitu sadar ada jaring, mereka berusaha untuk berlari menjauh. Jaring semakin mendekat dengan mereka, dan akhirnya mereka terperangkap di dalam jaring itu. Sebelum jaring terangkat ke permukaan laut, ayah dan ibu Pi berusaha untuk membuka celah jaring agar Pi bisa keluar dari perangkap itu. Mereka tidak mau Pi yang masih kecil harus menjadi santapan para manusia. Akhirnya Pi berhasil keluar. Tapi sayang, kedua orang tuanya tidak bisa melarikan diri juga. Pi tidak mau kalau dirinya harus berpisah dengan ayah dan ibunya. Dia berusaha mengikuti jaring itu. Tapi sayang, dirinya ditahan oleh Percy. Teman Pi yang sedang bermigrasi.

Sedikit info, tokoh Percy di film ini  adalah hewan Porpoise. Porpoise adalah hewan sejenis lumba-lumba yang berwarna keperakan dan memiliki mata panda yang lebar. Porpoise memiliki nama latin yaitu Vaquita. Namun sayang, keberadaan Porpoise sekarang terancam dan hanya ada 10 ekor di dunia. Selengkapnya bisa baca disini.

Pesan Menuju Reef

Kembali ke cerita, sebelum ayah dan ibu Pi benar-benar pergi, mereka memberikan pesan kepada Pi untuk pergi ke Reef. Tempat dimana Pearl, bibi Pi tinggal. Akhirnya Pi memulai perjalanannya  bersama Percy, ibu Percy, dan rombongan mereka yang juga akan bermigrasi. Mereka berenang setiap waktu, Pi akhirnya semakin akrab dengan Percy. Mereka bermain bersama selama perjalanan. Ibu Percy juga selalu melindungi Pi dan tentunya Percy. 

Akhirnya setelah berhari-hari berenang, Pi sampai di Reef. Dia harus berpisah dengan Percy, karena Percy dan ibunya harus tetap bermigrasi. Setelah berpisah dengan Percy, Pi berenang memasuki Reef. Ternyata Reef adalah tempat yang indah. Banyak ikan-ikan cantik yang tinggal disana. Pi berenang dengan riang sampai akhirnya bertemu dengan Dylan. Mereka bertemu saat Dylan sedang menonton pemotretan model. Model itu bernama Cordelia. Setelah pertemuan itu, Pi dan Dylan semakin akrab karena ternyata Dylan adalah anak dari bibi Pearl. Pi sadar bahwa dirinya jatuh hati dengan Cordelia. Akhirnya dia mencoba untuk lebih akrab dengan Cordelia. Tapi sayang, seekor hiu bernama Troy juga menyukai Cordelia. 

Saat sedang mengobrol dengan Cordelia, Troy datang bersama dua antek nya. Karena  tidak terima Pi dekat dengan Cordelia, Troy menyerang Pi sampai tak berdaya. Tak sampai disitu, Troy kembali mengganggu Pi setiap dia berusaha mengakrabkan diri dengan Cordelia. Sampai suatu saat, Pi diserang oleh Troy sampai terkulai lemas. Di saat itu, Troy mengancam Cordelia bahwa Cordelia harus berjanji dengannya untuk menerima mutiara pemberiannya agar Pi dilepaskan. Cordelia yang tak mau Pi disakiti, akhirnya berjanji dengan Troy. Setelah mendengar semua itu, Pi pingsan tak sadarkan diri. 

Info lagi, Troy memaksa Cordelia untuk menerima mutiaranya, karena mutiara pemberian laki-laki yang diterima perempuan dianggap sebagai tanda pernikahan. Dan mutiara itu akan membuat pasangan hidup bahagia selamanya. Troy juga berjanji akan memberikan mutiara yang paling indah untuk Cordelia.

Meminta Tolong

Kembali ke cerita. Saat Pi sadar dari pingsan, dirinya berada di rumah Nerissa. Nerissa adalah seekor kura-kura tua yang tinggal di sebuah perahu karam. Ikan-ikan menganggap Nerissa penyihir yang jahat dan menyeramkan. Pi sendiri sudah pernah melihat Nerissa secara tidak sengaja saat sedang berjalan bersama Dylan. Anggapan ikan-ikan lain tidak membuat Pi ikut menganggap Nerissa penyihir jahat. Sebaliknya, Pi menyukai Nerissa karena teknik bertarungnya.

Setelah sadar sepenuhnya, Pi meminta tolong Nerissa untuk melawan Troy. Ya, Pi sudah bertekad untuk mengalahkan Troy. Dia tidak terima jika harus melihat Cordelia bersama Troy. Tapi sayangnya, Nerissa tidak mau membantu Pi. Akhirnya Pi mencoba meminta bantuan kepada ikan-ikan lain. Tapi nihil, tak satupun dari mereka menerima permintaan Pi.

Pi akhirnya menceritakan rencananya kepada Dylan. Saat sedang berenang sambil bercerita, Pi melihat dua antek Troy. Dengan cepat Pi dan Dylan bersembunyi di sebuah terumbu karang. Tak disangka, dua antek Troy itu akan mencuri mutiara milik Nerissa. Dengan cepat, Pi langsung mengunjungi Nerissa. Tapi ternyata Nerissa tidak ada dirumah, dan sayangnya dua antek Troy sadar akan kehadiran Pi dan Dylan. Mereka mengejar Pi dan Dylan. Tapi untungnya Pi dan Dylan berhasil bersembunyi. Tapi Pi tidak mau terus bersembunyi, sementara antek-antek Troy mencuri mutiara milik Nerissa. Akhirnya Pi menakuti antek-antek Troy dengan tengkorak. Cara itu berhasil, kedua antek Troy kabur ketakutan. Tiba-tiba Nerissa datang, dan memuji Pi karena bisa membuat dua antek Troy ketakutan. Dari kejadian itulah Nerissa bersedia membantu Pi untuk menyerang Troy.

Berlatih

Setiap hari, Pi berlatih bersama Nerissa untuk menyerang Troy. Pearl, bibi Pi mengirim pesan lewat mimpi kepada Percy dan ibunya tentang Pi. Mereka bertanya-tanya, ada apa dengan Pi. Sementara itu, Pi terus berlatih meningkatkan kelincahan dan kecepatannya bersama Nerissa. Sampai akhirnya, hari yang ditunggu Troy untuk menikahi Cordelia datang. Pi juga sudah siap untuk mengalahkan Troy. 

Melawan

Akhirnya Troy datang menghampiri Cordelia. Pi yang sudah berlatih setiap hari, melancarkan rencananya. Troy dibawa menuju rintangan-rintangan yang membuatnya kewalahan. Tapi tak semudah itu mengalahkan Troy yang merupakan seekor hiu. Tapi akhirnya Troy dapat dikalahkan oleh Pi, dan teman-temannya. Termasuk Percy dan ibunya yang datang karena mimpi yang dikirim Pearl. Pi akhirnya menikah dengan Cordelia dan hidup bahagia di Reef selamanya.